多项研究发现，适当吃黑巧克力有助降低坏胆固醇(LDL)和增加好胆固醇(HDL)，有益提高血清素和内啡肽水平，进而提升情绪和幸福感。然而，由于健康状况及体质存在差异，黑巧克力并非人人适宜，以下几类人要少吃。
8岁以下孩童。儿童对咖啡因代谢相对较慢，吃完含有大量咖啡因的巧克力，可能会过度亢奋，不易入睡。
孕妇。美国国家酒精滥用和酒精中毒研究所神经影像学实验室一项研究发现，产前咖啡因暴露会影响胎儿大脑正常发育，增加孩子9~11岁时大脑神经发育异常风险。
胃食管反流患者。研究发现，巧克力中的可可粉会导致血清素激增，进而导致食管括约肌松弛，更容易发生胃食管反流(胃灼热或烧心)。此外，巧克力中的咖啡因和可可碱也可能引发胃酸反流。
肾结石高危人群。美国马里兰大学医学中心研究发现，黑巧克力中的草酸可能会导致尿草酸排泄增多，进而增加肾结石风险。肾结石患者或有肾结石倾向的人群，应该少吃黑巧克力以及其他草酸含量高的食物。
容易头痛的人。美国马里兰大学医学中心和克莱姆森大学研究人员完成的最新研究发现，黑巧克力可能引发偏头痛症状，其中的天然化学物质酪胺可能是罪魁祸首。另外，黑巧克力含糖量也很高，容易导致血糖水平骤升。哈佛大学一项研究发现，高血糖也会引发偏头痛。
甲状腺不好的人。研究发现，巧克力中的咖啡因会阻止激素替代药物的吸收，进而导致甲状腺水平失控。咖啡因的过量摄入也会影响到甲亢患者的情绪平衡、睡眠、甲状腺功能和药物疗效。此外，黑巧克力中的添加糖会扰乱甲状腺患者的血糖水平，加重心悸等症状。
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