历史上，南京和安徽的文化渊源有千丝万缕的联系。比如说，民国时期，在南京秦淮河畔，曾经有一所重点招收安徽在宁人士子女的中学，并直接冠以“安徽中学”的大名。之后，这所中学虽然更换了校名，但是原址办学延续至今，成为南京城里的一所百年名校，也可谓是南京乃至江苏教育界的一桩轶事。
历史源起于“上江考棚”
这座安徽中学的校址跟一个有趣的地名密不可分：上江考棚。
原来根据明清科举制度，每过三年各省都会举行一次“乡试”，全省的秀才、廪生等都要到省城进行考试，考中者为举人，才能有资格去京城进行会试、殿试，才有中状元的希望。而明代永乐年间朱棣迁都北京后，南京(包括今安徽、江苏两省和上海市区域)的乡试地点一直放在南京城(今南京老城区)的江南贡院。明代的南京到清初改为江南省，到了清代康熙年间又分为安徽、江苏两省，但是一直到1905年科举制度废除，现在安徽、江苏和上海的考生考举人的地方依然是在南京城。
这样，在参加乡试前后，大量的安徽考生便涌入南京城，由于朝廷规定正式乡试还要来一场资格预试，于是朝廷在南京城内划分了两个考场，分别作为当时安徽省和江苏省(含今上海市区域)考生的考场，即两处考棚。因为安徽位于长江上游，江苏位于长江下游，因此清代的江宁府城(今南京老城)内便设置了上江考棚和下江考棚，而所有安徽的乡试考生必须到上江考棚预考。起初上江考棚在朝天宫旁老皇甫巷，然而到了清朝咸丰、同治年间，太平军和清军的战火几乎摧毁了江宁府城。清朝同治四年(1865)，在江宁府城城南剪子巷重建上江考棚，也就是今天考棚小学的原址。清同治十二年(1873)，为扩大规模、更好地帮助安徽学子在江宁府城参加科举考试，在宁的安徽籍士绅集资在当时江南贡院东北方向的中正街，现在的白下路193号，重新修建了上江考棚，大厅名为明恕堂。这处上江考棚也成了晚清在宁安徽名流云集的地方。
清末新政中建立
1901年《辛丑条约》签订后，清朝廷痛定思痛，开始大办新政。其中，在教育文化方面，兴西学、废科举便成为当务之急。在全国各地兴办新式学堂的浪潮中，江宁府(今南京市)也不甘落伍，在旅宁安徽士绅汪菊友和陶寿民等人倡议下，兴办一所新式学校，主要面向在宁安徽人士招生。由于1903年安徽、江苏的乡试已经停办，所以上江考棚便成为现成的办学校址。1904年，安徽旅宁公学在上江考棚正式成立，首任总理(校长)是晚清著名学者、教育家，安徽合肥人蒯光典。这便是安徽中学的前身。
1905年，可能是觉得“安徽味”太重，安徽旅宁公学改名为上江公学。1912年中华民国建立后，学校又改名为安徽旅宁中学。
陶行知治校
1923年，安徽旅宁中学改称为南京安徽公学，任命著名教育家、歙县人陶行知为校长，副校长同样是歙县人姚文采。在陶行知任校长期间，由于采用先进的办学理念，安徽公学成为南京城内校舍设施全、师资力量强和教学质量高的顶尖中学。
教育家陶行知先生一直提倡“生活即教育，社会即学校”，反对学生读死书，脱离生活实践。在担任安徽公学校长前几年，陶行知专任中华教育改进社主任干事，不辞辛劳地奔走于南北各地，推广平民教育运动。担任校长后，陶行知便提出“实”字校训，并请古文名家撰成了91字的释义，由时任中华民国教育总长的熊希龄先生题写，以警训学生。
陶行知还发表了一篇非常重要的文章——《南京安徽公学办学旨趣》，这也是他早期的一篇重要的教育文献。在文章中，他写道：“科学的精神，美术的精神，大丈夫的精神，都不是凭空所能得来的。我们要在‘必有事焉’上下手。我们要以‘事’为我们活动的中心。研究学问要以事为中心，改造环境要以事为中心，处世应变也要以事为中心。我们要用科学的精神在事上去求学问，用美术的精神在事上去谋改造，用大丈夫的精神在事上去锻炼应变。我们愿意一同努力朝这三个目标行走。活一天，走一天;活到老，走到老。”
不过，“平民教育”的主张在南京城里的推行遇到很大的阻力。陶行知也越来越意识到，中国教育最大的问题是农村教育。1927年，陶行知在南京城外的一处农村创办了南京试验乡村师范学校，也就是后来的晓庄师范，在那里践行自己的教育理念。两年后，陶行知辞去安徽公学校长职务，由副校长姚文采接任。1929年9月，安徽公学更名为私立南京安徽中学。
历经多次变迁
1937年7月全面抗战爆发，12月13日南京沦陷。校长姚文采带领安徽中学众多师生迁至皖南的屯溪柏山(今安徽省黄山市屯溪区柏山社区)一边躲避日寇，一边设立南京安徽中学徽州分校，继续办学。其间因战事吃紧，姚文采甚至向军方借了200支步枪，准备带领师生转移到山区，一边打游击，一边办战地学校。
1945年8月抗战胜利后，安徽中学迁回南京原址。中华民国国民政府军政部长何应钦还亲自为安徽中学的回迁签署布告。1947年，为纪念陶行知先生逝世一周年，学校将明恕堂更名为行知馆，同时请学者胡适到校演讲，并书写了现存的“实”字校训。
中华人民共和国成立后的1951年，安徽中学同原市立南京六中合并，保留了市立南京六中的名字。合并前的南京六中成立于1947年，是由中华民国国立社会教育学院附属中学和青年训导所合并而成。1951年合并后的南京六中，是南京市直属的18所中学之一，也就是从那时候开始，学校不再重点招收安徽在宁人士的子女。而南京六中也一直在安徽中学原址办学，今天的门牌号是白下路193号。
到了2011年4月30日，南京六中又同南京三中合并，组建为新的南京市第三高级中学，而原南京市第六中学校址，则改为南京市第三高级中学东校区。从安徽旅宁公学到安徽中学，以及后来合并入南京六中、南京第三高级中学，这所有着百年历史的名校，继续在江南贡院旁、秦淮河畔，绽放着桃李的芬芳。
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