在工程款的支付方面，通常工程款可分为三部分：预付款、进度款和结算款。预付款是指开工前由发包人向承包人支付的款项，款项用于承包人开工前期的准备工作，该部分款项应于开工后从发包人应付工程款中扣除。进度款则指发包人按合同约定的工程进度逐笔支付的款项。由于建设工程施工合同的承揽合同性质，势不能要求承包人承担垫付工程款的义务，因此根据工程进度支付工程进度款是建设工程施工合同的重要特点。结算款是指工程竣工后，双方对工程总价进行结算所确认的工程款，对发包人已付工程款与结算款的差额部分，发包人应予支付。
7、材料及设备供应
建设工程涉及到大量的材料与设备，因此合同应就材料与设备供应主体、供应范围、供应日期、验收程序及标准、保管责任等问题进行约定。材料和设备既可由发包人提供，也可由承包人提供，提供方应对材料与设备的合格性承担责任，另一方有权对其进行检验并提出质量异议。
8、竣工验收与结算条款
竣工验收与结算条款应对验收和决算的程序进行明确约定。在预计竣工日期之前的合理期限内，承包人应通知发包人准备验收，并提供相关验收资料，发包人应及时组织有关各方包括勘察设计单位、监理单位等与承包人共同进行竣工验收，并对存在的质量问题提出修改意见，验收合格或经修改后合格的，承包人应提交竣工验收报告。发包人不组织验收的，应承担对其不利的法律后果。
竣工验收后，双方应按合同约定或法定程序进行结算。建设部《建筑工程施工发包与承包计价管理办法》对工程竣工结算的程序规定如下：“工程竣工验收合格，应当按照下列规定进行竣工结算：
①承包方应当在工程竣工验收合格后的约定期限内提交竣工结算文件;
②发包方应当在收到竣工结算文件后的约定期限内予以答复。逾期未答复的，竣工结算文件视为已被认可;
③发包方对竣工结算文件有异议的，应当在答复期内向承包方提出，并可以在提出之日起的约定期限内与承包方协商;
④发包方在协商期内未与承包方协商或者经协商未能与承包方达成协议的，应当委托工程造价咨询单位进行竣工结算审核;⑤发包方应当在协商期满后的约定期限内向承包方提出工程造价咨询单位出具的竣工结算审核意见。
发承包双方在合同中对上述事项的期限没有明确约定的，可认为其约定期限均为28日。发承包双方对工程造价咨询单位出具的竣工结算审核意见仍有异议的，在接到该审核意见后一个月内可以向县级以上地方人民政府建设行政主管部门申请调解，调解不成的，可以依法申请仲裁或者向人民法院提起诉讼。工程竣工结算文件经发包方与承包方确认即应当作为工程决算的依据。”
如当事人约定采取固定价格的方式，则在结算环节当不易发生纠纷。但是，对大型工程项目而言，以固定价格方式计价并不现实，因为期间可变因素太多，如由此导致的造价差距太大，一方当事人可以情事变更原则要求变更合同。此外，因发包人原因如设计变更等调整合同造价的情况也难以避免。需要注意的是，发包人并没有权利对承包人提交的结算资料进行随意调整。除合同约定的内容外，对工程施工过程中发包人或其代理人已确认的部分工程价格，发包人应予认可。即便双方委托或由法院或仲裁机构委托价格鉴定机构进行造价鉴定，其也不能脱离合同条款及当事人在合同履行过程中已生成的合同文件的约定。因此，对承包人而言，合同履行过程中有关书面证据的保全有着极为重要的意义。
9、违约责任及索赔条款
发包人可能存在的主要违约事由为不依合同约定支付工程款，此外还存在着不提供必要的施工条件及资料、不按期组织各类验收等情形，合同应对各种可能的违约情形的违约责任进行规定，发包人承担违约责任的主要方式为实际履行、赔偿损失和解除合同。承包人可能存在的主要违约事由是未按期完工及完成的工程质量不符合法定及约定的质量标准，及与之相对应的不能提供必要的工程竣工资料。承包人承担违约责任的主要方式为修理或重作、赔偿损失、解除合同。合同应对履行过程中的索赔程序进行约定，一旦出现索赔事由，守约方应及时向违约方发出索赔通知，并提供相关证据，违约方应按合同约定的期限进行答复和处理。
10、承包人保修责任
承包人通常以签订质量保修书的形式明确其保修责任。
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