以田野工作为基础的近代考古学是一门十分重要的学科，百万年的人类起源史和上万年的人类史前文明史都主要是依靠考古成果来构建的。1921年，河南省渑池县仰韶遗址发掘，揭开了中国现代考古学的序幕。在中国现代考古学诞生100周年之际，回望南京城墙的几次重大考古工作，有着特殊的意义。
建于14世纪中叶的南京城墙，是明太祖朱元璋定都南京之后、保卫京师的重要防御工程，是中国筑城史上成熟时期的重要代表作，也是南京城最具代表性的历史文化符号。2014年，南京被确定为“中国明清城墙”联合申遗牵头城市。数十年来，有关南京城墙的考古工作一直持续进行，考古工作者筚路蓝缕探城墙，不断地探索、发现和研究，让人们对南京城墙的价值有了更为深入、更为多元的认识。
4次考古发掘确定石头城遗址
众所周知，明代南京城墙在六朝、南唐等历朝历代城池的基础上修建而成，其中城墙西线就利用了部分六朝时期石头城的基础。
由于年代久远、城市变迁，在很长一段时间里，学术界对石头城的具体位置和四至范围一直存在争议。1998年至今，南京大学历史学院教授、南大文化与自然遗产研究所所长贺云翱带领团队，先后4次对清凉山公园内的六朝石头城遗址展开考古调查、勘探、发掘。先前的研究中，大家把石头城定在石头城公园里的鬼脸城。石头城的城墙实际上在鬼脸城靠里面一点，那是纯粹的自然的崖面;明朝人当时利用石头城旁边的基崖建造了城墙。
2016年6月至2017年2月，石头城遗址展开了第四次考古发掘。此次考古发掘出土了一块有模印的东晋晚期城砖，这两字铭文提供的考古“铁证”，让石头城的“定位问题”再无争议——石头城遗址就在南京清凉山公园内。
当时，在清凉山公园一处地势较高的工地里，贺云翱团队找到了南朝时期的城门。城门南北向，北面的城门外，用碎砖铺垫，四周各有一大型石柱础;城门内，有一条宽3米多的通道。地砖已经不见了，两侧用六朝砖垒砌。贺云翱介绍，在清凉山公园考古现场，他们还发现很多纪年砖，上面写着年号。这些城砖铭文，就是石头城的见证。
沉睡650年
官窑山砖窑群现身
2002年，几位文物专家前往南京栖霞官窑村调查，发现了一处明代烧造城砖的窑址，并在现场找到了一块印有“应天府上元县”铭文的残砖。“官窑村”的名字、带有铭文的残砖，引起了专家们的高度重视，并向有关部门建议加强保护。
2016年7月，为配合栖霞区栖霞街道官窑村一个项目的开发建设工作，南京市文物部门对项目用地进行了全面勘探，先后发现了近百座窑址，其中大多数为明代砖窑，一座沉睡了六百五十年的官办窑厂因此重见天日。
窑址内出土了大量明城砖残块，这些残砖质地细密坚实，上面写有“应天府提调官……上元县提调官县丞”等铭文，这批铭文砖证明，当年修筑明城墙时，南京当地也建有大型的官营城砖烧造基地。
官窑山砖窑群的大规模现身，让人们看到了明代南京本地烧造城砖的官营工场体量之庞大。当时难以确认的窑址规模、数量、运输线路等信息，经过考古发掘也有了一定成果。栖霞区官窑村发现大型明代砖窑遗址，成为2016年度南京最重要的考古发现之一。
2019年，南京市规划和自然资源局对《南京官窑山砖窑考古遗址公园规划设计》进行公示，征询公众意见。规划中的南京官窑山砖窑考古遗址公园位于峨嵋山区域，面积为59.8公顷，遗址公园内将建南京城墙砖窑博物馆、官窑村文创小镇等。
武定门城墙段
出土抗战文物
2017年12月，南京城墙文物保护部门在对武定门南侧约300米处的城墙鼓胀部位进行维修加固时，无意中发现了一座因战争摧毁而坍塌掩埋的抗战初期修建的机枪暗堡，并从中出土了一批抗战文物。
暗堡中出土的步枪刺刀，通长52厘米。刀身部分为钢制，保存较好，长38厘米。该刺刀为下开刃式，刃长约10厘米，前部开刃，便于突刺而非削切，符合战时刺刀开刃做法。根据该刺刀的长度和制式，专家鉴定这把刺刀是欧洲生产的德式“毛瑟”系列步枪刺刀。
此外还有一枚骨质印章，印面只有一厘米见方，因为长期埋于土中，受雨水侵蚀，骨质纤维逐渐剥落，印面文字也随之消失。
武定门机枪暗堡出土的抗战文物，为研究、展示南京城墙抗战历史提供了极其珍贵的实物资料。
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